Фамилия Домаховский — одна из тех, где прозрачная основа скрывает за собой две равноправные версии происхождения. Первая отсылает к прозвищу Домаха. В старину на Украине «домахой» называли саблю из дамасской стали. Так могли прозвать либо мастера, ковавшего клинки, либо воина, искусно владевшего оружием. Вторая версия — топонимическая: на Днепропетровщине есть село Домаха, и прозвище могло закрепиться за человеком, оттуда родом. Суффикс -ский типичен для украинских и польских фамилий, он указывал на принадлежность к местности или шляхетскому роду, хотя носители Домаховских не обязательно были дворянами.

В новгородских писцовых книгах 1495 года упоминаются крестьяне Домаха Кузьма и Домахин Никон — это одно из ранних свидетельств бытования прозвища в северных землях. Со временем прозвище вытеснило крестильное имя и закрепилось в документах как фамильное.

Словообразовательная модель проста: основа Домах- плюс типичный для восточнославянских фамилий суффикс -овск-/-евск-, адаптированный в польском варианте как -овский. В русском языке фамилия сохранила польское окончание, что нередко для фамилий с Украины и Беларуси, оказавшихся в составе Российской империи.