Фамилия Домахины — одна из тех, где за привычным русским окончанием скрывается неочевидная основа. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Домахин буквально означает «сын Домахи» или «человек из рода Домахи». А вот само прозвище Домаха, от которого всё пошло, скорее всего, имеет не домашнее, а военное происхождение.

Основная версия связывает прозвище с украинским словом «домаха» — так называли саблю из дамасской стали. Выходит, что Домахой могли прозвать либо мастера-оружейника, который ковал такие клинки, либо умелого воина, искусного в сабельном бою. Версия эта логичная и подкрепляется тем, что прозвища по роду занятий или характерному предмету — один из самых частых источников русских фамилий.

Есть и другая гипотеза: что прозвище дали по названию села Домаха в Днепропетровской области. Тогда Домахой называли выходца оттуда. Эта версия менее убедительна — слишком редкий топоним, чтобы стать основой для прозвища, да и географическая привязка к Украине не обязательна, ведь самые ранние документальные упоминания относятся к Новгородским землям.

Именно новгородские писцовые книги конца XV века (1495 год) фиксируют сразу двух носителей: Домаху Кузьму и Домахина Никона, оба — крестьяне. Эта запись ценна тем, что показывает: уже в XV веке прозвище Домаха бытовало на севере Руси, а фамилия Домахин начала оформляться. Никакой связи с украинским селом в новгородском контексте нет, что косвенно подтверждает первую, «оружейную» версию.

Таким образом, фамилия Домахины — не про дом и хозяйство, а про холодное оружие и, возможно, воинское мастерство предка. По модели образования она типична для восточнославянских фамилий, но корень выдаёт в ней редкий диалектный или профессиональный термин.