Фамилия Домахин — типичная русская фамилия на -ин, образованная от прозвища Домаха. Главная и самая убедительная версия связывает это прозвище с украинским словом «домаха» — старинным названием сабли из дамасской стали. Дамаск, или дамасская сталь, славилась прочностью и характерным узором на клинке. Следовательно, Домахой могли прозвать либо мастера-оружейника, ковавшего такие сабли, либо искусного воина, который виртуозно владел этим дорогим и редким оружием.

В пользу этой версии говорит и то, что прозвища по роду занятий или отличительному признаку (владение особым предметом) были в ходу на Руси повсеместно. Менее правдоподобно выглядит версия о происхождении от названия украинского села Домаха в Днепропетровской области. Если бы фамилия была топонимической, то есть указывала на выходца из этого села, она скорее звучала бы как Домаховский или Домашенко, а не Домахин.

Самый ранний документальный след фамилии находим в новгородских писцовых книгах конца XV века. С. Б. Веселовский упоминает крестьян Домаху Кузьму и Домахина Никона, записанных в 1495 году под Новгородом. Это не только одна из первых фиксаций фамилии, но и важный факт: уже в ту пору прозвище Домаха бытовало в северных русских землях, а не только в украинских, что укрепляет версию о прозвище, а не о географическом названии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Домахин буквально означал «сын Домахи» или «человек из семьи Домахи». Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как наследственная фамилия. Таким образом, предки современных Домахиных — это либо новгородские крестьяне, либо, если верить оружейной версии, мастера по изготовлению клинков, чьё ремесло дало им звучное прозвище.