Фамилия Домин образована от имени Дома, которое в свою очередь — народная, сокращённая форма нескольких церковных имён. Чаще всего так называли в быту Доментиана (в переводе с латинского — «Дометиев сын»), Доментия («укротитель») или Домнина («господний, божий»). В этой цепочке имя Дома — уменьшительное, а фамилия Домин — типичная русская патронимическая форма, отвечающая на вопрос «чей?»: чей сын? — Домин.

Менее вероятная, но тоже возможная версия связывает фамилию с прозвищем Дома, образованным от нарицательного «дом». В этом случае прозвище могло указывать на профессию предка — строителя домов, либо на его качества как крепкого хозяина и хранителя домашнего очага. Однако эта гипотеза уступает первой по распространённости: в русской ономастике фамилии от календарных имён встречаются гораздо чаще, чем от бытовых прозвищ, особенно когда имя Дома хорошо известно как народная форма крестильных имён.

Фамилия Домин — не путать с польской или еврейской фамилией Домин, которая может восходить к латинскому dominus («господин»). Русский вариант почти всегда имеет славянскую основу и суффикс -ин, характерный для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а. Потомок человека по имени Дома со временем и получил фамилию Домин.