Фамилия Дондэ — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение лежит не в славянской, а в тюркской или монгольской языковой среде. Если отбросить версию о случайном заимствовании, то наиболее вероятная основа — личное имя или прозвище Дондэ, которое восходит к тюркскому «дон» (одежда, шуба) или монгольскому «донд» (средний, середина). В тюркских языках слово «дон» могло означать не просто одежду, а дорогую, парадную шубу, и прозвище Дондэ мог получить человек, который шил или торговал такой одеждой. В монгольском варианте имя Дондэ (Дондог) давали ребёнку, родившемуся средним по счёту в семье, или как пожелание «золотой середины» в характере.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна для русского языка. Обычно русские фамилии образуются с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин, -ский, но здесь мы видим чистую основу без добавления типичного суффикса принадлежности. Такое возможно, если фамилия фиксировалась в документах в неизменном виде (как есть) у народов, где отчества и фамилии ещё не устоялись, — например, у бурят, калмыков, тувинцев или у тюркских народов Поволжья. В XIX веке при записи в метрические книги русские чиновники могли оставить фамилию в исходной форме, если не понимали её внутренней структуры или если носитель сам называл себя так.

Географически фамилия Дондэ встречается в Забайкалье, Бурятии, а также среди калмыков. В Бурятии имя Дондок (Дондэ) довольно распространено, и от него образованы фамилии Дондоков, Дондокон, но форма Дондэ — более редкая, архаичная, возможно, сохранившаяся в старых родах. В калмыцком языке «донд» означает «средний», и фамилия могла закрепиться за потомками человека, носившего такое имя.

Второстепенная, но возможная версия — связь с диалектным русским словом «донда» (удар, тумак) или «дондить» (капать, моросить). Однако в этом случае фамилия скорее получила бы суффикс -ин (Дондин). Форма Дондэ без суффикса для русской фамилии аномальна, поэтому версия с иноязычным корнем выглядит убедительнее.

Сословная принадлежность носителей фамилии Дондэ, скорее всего, недворянская: это могли быть казаки, крестьяне-старообрядцы Забайкалья (семейские) или представители бурятских родов, перешедшие в оседлость. В советское время фамилия могла быть русифицирована (добавлением окончания -ов), но часть семей сохранила исходное написание.