Фамилия Досканаев — редкая по своему строению. Её основа — слово «доскана» (или «тоскана»), которое в русских говорах означало «дощатый ящик», «сундук», а иногда и «гроб». В северных и сибирских диалектах «досканой» называли мастера по изготовлению сундуков, коробов и другой деревянной тары. Таким образом, Досканаев — потомок человека, чьим прозвищем или ремеслом была работа с досками, изготовление вместилищ для хранения.

Фамилия образована по тюркской модели: корень «доскан» (в тюркских языках «ташкын» — разлив, поток, но здесь скорее заимствование из русского) и суффикс -аев, характерный для фамилий татарского, башкирского, казахского происхождения. В русской ономастике такой суффикс встречается редко, чаще он указывает на адаптацию тюркского прозвища в славянской среде. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели (на -аев, -еев) отмечены как типичные для фамилий, возникших на стыке тюркской и русской культур, особенно в Поволжье и Приуралье.

Географически фамилия Досканаев встречается в основном среди татар и башкир, а также у казахов. Её можно встретить в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Встречается и в казахской среде, где «доскан» могло быть личным именем или прозвищем, производным от арабского «дуст» (друг) с тюркским суффиксом.

Есть и другая, менее вероятная версия: от монгольского «доско» — «близкий», «родной». Но она слабая, так как фамилия не фиксируется в монгольских регионах, а её ареал — тюркский. Поэтому основная гипотеза — ремесленная, связанная с изготовлением сундуков и ящиков. Предки Досканаевых были, скорее всего, плотниками или торговцами деревянной утварью.