Фамилия Драгонер — редкий случай в русском ономастиконе, где за основу взято не имя и не прозвище, а прямое указание на род войск. В отличие от фамилий вроде Солдатов или Стрельцов, здесь мы видим не адаптированную славянскую форму, а почти неизменённое заимствование: польское dragon или немецкое Dragon (XVII век), восходящее к латинскому draco — «дракон».

Слово «драгон» («драгун») прошло долгий путь, прежде чем стать фамилией. В XVI веке во Франции так называли пехоту, посаженную на коней для быстрой переброски — при встрече с врагом они спешивались и действовали как обычные стрелки. Позже драгуны стали полноценной кавалерией, способной атаковать и в конном строю. К XVIII веку в России вся регулярная кавалерия была переформирована по драгунскому образцу: с 1700 по 1708 год создали 34 драгунских полка. В 1882 году все армейские кавалерийские полки переименовали в драгунские, и этот род войск просуществовал до 1918 года.

Само название, по одной из версий, пошло от короткого мушкета, «извергающего пламя» — будто драконье пламя. Другие исследователи связывают его с изображением дракона на знамёнах этих подразделений. Фамилия Драгонер могла закрепиться за солдатом или офицером, выслужившим срок, а также за рекрутом, попавшим именно в драгунский полк. Суффикс -ер в русской среде нетипичен: он указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где польское или немецкое влияние было сильным, — вероятно, на западнорусских землях или среди казачества. Основатель рода Драгонер почти наверняка был воином, и фамилия прямо называла его профессию, без иносказаний.