Фамилия Дробунин — редкий пример, где необычное окончание помогает разобраться с происхождением. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Дробунин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Дробуня. Само прозвище Дробуня образовано от глагола «дробить» или существительного «дробь». Скорее всего, так называли человека, занятого дроблением чего-либо: камня, зерна, руды. В крестьянской среде это мог быть мельник (дробил зерно в крупу) или каменотёс. В среде охотников и военных — мастер, отливавший или заряжавший ружейную дробь.

Интересна и менее очевидная версия, связанная с диалектами. В некоторых говорах «дробуня» — не только действие, но и человек мелкого телосложения, «дробный», то есть некрупный, щуплый. Прозвища по внешности давали часто, и Дробуня могло закрепиться за невысоким, худощавым мужчиной.

География фамилии Дробунин — преимущественно центральные и южные регионы России, где встречаются однокоренные фамилии Дробунов, Дробин, Дробот. Отсутствие распространённого суффикса -ов (Дробунов) говорит о том, что прозвище Дробуня было в ходу, а не образовано от полной церковной формы имени. В документах XVIII–XIX веков фамилия могла фиксироваться с вариативным написанием — Дробунин или Дробунинъ, но путать с редкой фамилией Дробулин (от «дробуля» — вариант того же корня) не стоит: суффикс -ин здесь однозначно указывает на прозвище, а не на топоним.