Фамилия Дубень — один из тех случаев, когда прозвище, данное человеку, со временем стало наследственным именем. Её основа — слово «дуб», которое в народной речи имело не только прямое, но и переносное значение. Человека могли назвать Дубнем за крепкое здоровье, твёрдость характера или, напротив, за упрямство и простоту. В некоторых говорах так называли того, кто жил в дубовом лесу или среди дубрав — такая привязка к месту жительства была распространённой моделью для прозвищ.

С точки зрения словообразования, фамилия Дубень образована с помощью суффикса -ень. Эта модель характерна для восточнославянских прозвищ и фамилий, которые закрепились в белорусской и украинской среде. Суффикс придаёт основе оттенок уменьшительности или принадлежности, но в данном случае он скорее оформляет прозвище, чем смягчает его значение. Фамилия Дубень могла появиться и как производное от названия дубовой рощи — дубняка, но в таком случае форма была бы иной, например Дубняк.

Географически фамилия Дубень чаще всего встречается в западных регионах России, а также в Беларуси и на Украине. Это косвенно подтверждает её происхождение от прозвища, а не от официального имени или названия населённого пункта. В русских говорах слово «дубень» фиксируется в значении «дубина», «толстая палка» — такое прозвище могли дать человеку грубоватому или неуступчивому.

Однокоренные фамилии — Дубов, Дубин, Дубовский — образованы по другим моделям и распространены шире. Дубень же выделяется своей краткостью и редким суффиксом, что делает её более локальной и характерной для определённых говоров. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они жили на западе или юго-западе бывшей Российской империи, а само прозвище могло быть связано либо с местом, либо с личными качествами первого носителя.