Фамилия Дубнер — редкий случай, когда география спорит сама с собой. Чаще всего её связывают с украинским городом Дубно (Ровенская область), древним поселением, известным с 1100 года. Житель Дубно получал прозвище Дубнер, которое затем закреплялось как фамилия. Это самая прямая и правдоподобная версия.

Менее убедительная гипотеза выводит фамилию от подмосковной Дубны, основанной в 1134 году Юрием Долгоруким. Сторонники этой версии указывают, что название города связано либо с рекой Дубной, либо со словом «дуб» — якобы в тех краях рос знаменитый дубовый лес. Однако версия с Дубно выглядит сильнее: именно украинские и белорусские земли дали наибольшее количество фамилий на -ер, образованных от названий городов.

В архивных записях фамилия встречается у разных народов. В документах НИПЦ «Мемориал» значится еврей Дубнер Павел Миронович, 1897 года рождения, из деревни Большая Лепетиха Херсонской губернии. А в Книге памяти Красноярского края записана полька Дубнер Юдвига Альфонсовна, родившаяся в 1871 году в Варшаве. Такая разбросанность подтверждает, что фамилия не привязана к одной этнической группе: её носителями становились евреи, поляки, украинцы, а позже и русские, если их предки происходили из Дубно или окрестностей.