Фамилия Дубневы образована от названия реки Дубна, что сразу выделяет её среди множества «растительных» фамилий. В русской ономастике есть целый пласт фамилий, связанных с гидронимами: Москвины, Волгины, Онегины. Дубна — имя нескольких рек в центральной России, самая известная протекает во Владимирской и Московской областях. Человек, живший на берегу такой реки или переселившийся оттуда, получал прозвище Дубна, а его потомки становились Дубневыми.

Модель образования типична для русского Севера и центра: основа «Дубн-» плюс суффикс принадлежности «-ев». Форма «Дубнев» (с ударением на первый слог) исторически могла означать «сын Дубны», где Дубна — не река, а личное имя или прозвище. В старых писцовых книгах встречаются крестьяне и посадские с именем Дубна — так могли называть человека коренастого, крепкого, «как дуб», но с уменьшительным суффиксом «-н-», что давало оттенок «дубок». В этом случае фамилия Дубневы — патроним, а не топонимическая.

Версия с прозвищем надёжнее, потому что река Дубна дала бы фамилию Дубнин или Дубенский, а не Дубнев. Суффикс «-ев» в русских фамилиях чаще прикрепляется к основам на мягкий согласный или на «-а», что как раз соответствует форме «Дубня» (от Дубна через переход «а» в «я» в диалектах). Таким образом, предок носителей фамилии скорее всего носил личное прозвище Дубня или Дубна — возможно, за схожесть с дубом по силе или за упрямство.

Дубневы не относились к дворянским родам — фамилия не встречается в родословных книгах. Она бытовала в крестьянской и мещанской среде, особенно в Тверской и Ярославской губерниях, где протекают притоки Волги с названием Дубна. В XIX веке носители фамилии записаны в основном как государственные крестьяне, реже — как купцы третьей гильдии.