Фамилия Дубнев — относительно редкий пример, где основа и суффикс образуют нестандартную комбинацию. Если бы мы имели дело с типичной моделью, то от слова «дуб» фамилия звучала бы как Дубов. Суффикс «-нев» здесь указывает на иную, более сложную словообразовательную цепочку.

Скорее всего, в основе лежит не непосредственно дерево, а прозвище или мирское имя Дубень. В древнерусском языке суффикс «-ень» мог придавать слову значение носителя признака: Дубень — человек крепкий, твердый, упрямый, «как дуб». От этого прозвища и образовалась фамилия через притяжательный суффикс «-ев»: Дубнев буквально означает «сын Дубня» или «принадлежащий Дубню».

Менее вероятна, но возможна версия географического происхождения. В русских говорах «дубня» или «дубнев» могли называть дубовую рощу, дубраву. В этом случае фамилия могла закрепиться за выходцем из села или урочища с названием Дубнево, Дубня. Такие топонимы встречаются в центральной России, особенно в Тверской и Московской областях, где дубовые леса были распространены.

Обращает на себя внимание и окончание «-ев» при твердой основе на «н». В русской ономастике фамилии на «-нев» встречаются реже, чем на «-нов» или «-нин», что делает Дубнева более локальным и исторически конкретным образованием. Скорее всего, предки носителя этой фамилии жили в регионе, где было принято не просто называть человека по отцу, а сохранять в фамилии полную форму прозвища — Дубень, а не сокращенное Дуб.