Фамилия Дубниченко образована по распространённой в украинской и белорусской ономастике модели. В её основе лежит суффикс -енко, который в XVI–XVII веках был характерен для фамилий казацкой старшины, мещан и крестьян Левобережной Украины. Суффикс указывал на родство по отцу: Дубниченко — это «сын Дубника» или «потомок того, кто носил прозвище Дубник». Само прозвище Дубник, в свою очередь, происходит от слова «дуб».

Здесь возможны два значения. Первое — профессиональное: Дубником могли называть человека, который занимался заготовкой или обработкой дубовой древесины, а также дубильщика кож (дубление корой дуба было распространённым ремеслом). Второе — прозвищное, по внешним или внутренним качествам: «дуб» в народной речи символизировал крепость, надёжность, иногда — упрямство или простоватость. В этом случае Дубник — человек крепкий, как дуб, либо, в ироничном смысле, «дубина».

Интересная особенность — редкий переходный суффикс -нич- внутри основы. Фамилия Дубниченко не так частотна, как, скажем, Дубенко или Дубов. Она несёт на себе отпечаток конкретной локальной традиции: скорее всего, предки носителей фамилии жили на территории современной Черниговской, Полтавской или Сумской областей, где подобные «отцовские» фамилии на -енко были основным типом. В документах XIX века встречаются варианты написания Дубниченко и Дубниченков, но первая форма закрепилась как основная.

Спорных версий происхождения у этой фамилии почти нет. Корень «дуб» прозрачен и не даёт повода для альтернативных толкований. Можно лишь добавить, что в некоторых говорах слово «дубник» означало дубовый лес или рощу, но в качестве прозвища человека такое значение маловероятно: фамилия образована не от названия местности, а от личного прозвища.