Фамилия Дуденков образована от прозвища Дудка. В основе лежит слово «дуда, дудка» — так называли музыкальный инструмент, а заодно и человека, который на нём играл или сам делал такие инструменты. Прозвище Дудка могло также закрепиться за лихим плясуном или балагуром — образ дудочника в народной культуре устойчиво связывался с весельем и удалью. В исторических документах, в частности у С. Б. Веселовского, упомянут Дудка Федор Дмитриевич Зайцев (первая половина XV века), что подтверждает древность такого прозвища.

Суффикс -енк- в фамилии Дуденков указывает на восточноукраинское происхождение: по модели «Дудка → Дуденко → Дуденков» сначала возникла украинская фамилия Дуденко, а после её русификации появилась русская форма с окончанием -ов. Таким образом, фамилия Дуденков буквально означает «потомок того, кого звали Дудкой».