Фамилия Дуденковы образована от прозвища Дудка, а оно, в свою очередь, восходит к слову «дуда» или «дудка». Это один из самых распространённых типов русских фамилий — от личного прозвища, данного по роду занятий или характерной черте человека.

Скорее всего, предок носителей этой фамилии либо сам играл на дудке, либо занимался изготовлением музыкальных инструментов. В народной культуре дудка — инструмент пастухов и скоморохов, поэтому прозвище могли дать не только ремесленнику, но и весёлому, лихому плясуну. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» записан Дудка Федор Дмитриевич Зайцев, живший в первой половине XV века, — это одно из ранних упоминаний такого прозвища.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -енков. Он указывает на восточноукраинское или южнорусское происхождение. Если бы фамилия образовалась в северных или центральных русских землях, она, скорее всего, звучала бы как Дудков. Суффикс -енко (в форме -енков) типичен для фамилий, которые складывались на территории современной Украины и южных областей России: он буквально означает «маленький» или «потомок». Таким образом, Дуденков — это «потомок Дудки».

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования наследственных имён был долгим и растянулся на несколько столетий. Однако ясно, что в основе фамилии лежит не церковное имя, а живое народное прозвище, которое сразу рисовало образ человека — либо музыканта, либо весельчака.