Фамилия Дуденин — яркий пример того, как прозвище, данное по музыкальному инструменту, закрепилось в роду. Основа здесь — слово «дуда» (вольнка, дудка). Суффикс -енин указывает на принадлежность: Дуденин буквально означает «сын Дудени» или «человек из семьи Дудениных». В русском языке модель с суффиксом -енин (а не более привычное -ин) встречается реже и обычно указывает на древность образования или диалектное происхождение, хотя по сути это тот же патронимический суффикс принадлежности, что и в фамилиях Гороженин, Смолянин.

Прозвище Дуденя мог получить не только музыкант-дударь. В народной речи «дудой» нередко называли болтливого, пустого человека — того, кто «дудит» без умолку. Вторая версия, менее очевидная, но возможная: в некоторых говорах «дуденить» означало «медлить, копаться», так что прозвище могло закрепиться за неторопливым, флегматичным человеком. Оба толкования укладываются в логику бытовых прозвищ Древней Руси, где человека редко называли по профессии впрямую — скорее по характерной черте.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к Тульской, Рязанской, Орловской губерниям. Встречается она и в Поволжье, что подтверждает её исконно русский, а не украинский или белорусский корень (где преобладали бы формы Дудник, Дудченко). Словарь Б. Унбегауна относит Дуденина к типичным «именованиям по отцу», образованным от прозвища, а не от крестильного имени.

Редкая черта этой фамилии — её «некрестьянский» суффикс. Большинство русских фамилий на -ов/-ев, -ин образованы по схеме «чей?» (Дудин, Дудкин). Дуденин же использует более архаичную модель, которая в XVIII–XIX веках чаще встречалась у мещан и купцов, чем у крепостных. Впрочем, это лишь тенденция, а не правило: в переписных книгах XVII века можно найти и посадских Дудениных, и крестьян.