Фамилия Дуденина в своей основе имеет прозвище Дуденя. Оно, скорее всего, образовано от слова «дуда» — народного духового инструмента, дудки. В таком случае прозвище могли дать музыканту-дударю или человеку, который постоянно напевал, насвистывал, «дудел». В говорах «дудой» могли называть и болтливого, пустого человека, того, кто «дудит одно и то же». Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «дуденить» — пить, тянуть напиток мелкими глотками, что могло относиться к неторопливому или привередливому едоку.

По модели образования это типичная «малая» фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Дуденина — дочь или жена Дудени. Сама форма Дуденя образована с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ен(я), который в русских прозвищах часто придавал оттенок не столько маленького размера, сколько фамильярности или бытовой характеристики. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на севере и в центральной России, фамилии на -ин особенно типичны для северных и северо-западных регионов, где прозвища на -еня бытовали активно.

Интересно, что фамилия Дуденина не имеет прямой связи с именем Дудя (как вариант от Дмитрия или Давыда) — это чисто прозвищная основа, что делает её более «прозрачной» по смыслу. В крестьянской среде прозвище Дуденя могло закрепиться за человеком, который на праздниках играл на дудке, а в слободах и городских посадах — за ремесленником, изготавливавшим дудки или торговавшим ими.

Сословная принадлежность предков Дудениных, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дворянских родословных эта фамилия не фиксируется, что подтверждает её «низовое» происхождение от живого прозвища, а не от канонического имени или титула.