Фамилия Дудону — редкий случай, когда русская по форме фамилия почти наверняка имеет нерусское происхождение. С точки зрения словообразования она выглядит как типичная фамилия на -ов (-ев), но основа «Дудон» не встречается в древнерусских именах или прозвищах. Скорее всего, перед нами русифицированная версия грузинской фамилии Дудунашвили или Дудунов. В грузинском языке распространено имя Дуду (Дудуна), и при переезде в Российскую империю окончание «-швили» часто заменяли на русское «-ов» для простоты и единообразия документов. Поэтому носители фамилии Дудону — это, вероятно, потомки грузин, обрусевших в XIX–XX веках.

Если же отбросить грузинскую версию, то в чисто русской среде «Дудон» могло быть прозвищем от глагола «дудеть» или от слова «дуда» (дудка, волынка). В таком случае прозвище Дудон давали человеку, который постоянно напевал себе под нос, играл на дудке или просто был говорливым. Однако эта версия слабее: в русских говорах зафиксирована форма «Дудник» или «Дударь», а «Дудон» — единичная, почти не встречающаяся в исторических документах.

Написание фамилии тоже подсказывает её происхождение. Финальное «у» в русском языке нехарактерно для фамилий — обычно оно встречается у украинских (на -у, -юк) или у молдавских. Но ударение в фамилии Дудону, скорее всего, падает на последний слог, что опять же указывает на южную, кавказскую природу. В русском языке фамилия звучала бы как Дудонов, и если бы предки были русскими, именно так её и записали бы.

Сословная принадлежность неясна. Среди грузинских дворян фамилии на -ов встречались, но и крестьяне при получении паспортов могли получить русифицированную форму. Искать корни стоит в Грузии, особенно в восточных регионах, где имя Дудуна было распространено. В России фамилия крайне редкая, её носители живут в основном в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда традиционно переселялись с Кавказа.