Фамилия Дунаено — редкий случай, когда географическое название не превратилось в типовую форму на -ов или -ин, а сохранило почти первозданный вид. Основа здесь прозрачна: река Дунай. Но суффикс -ено выбивается из привычного ряда русских фамильных моделей. В русском языке такой формант нехарактерен, зато он встречается в украинской и белорусской ономастике, где -енко — один из главных патронимических суффиксов (сын такого-то). Дунаено — это, скорее всего, украинская или южнорусская фамилия, записанная на слух или в результате диалектных изменений: -енко могло редуцироваться до -ено, особенно в документах XIX века, когда писарь фиксировал произношение.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии получил прозвище Дунай. Так могли назвать человека, который жил у реки Дунай, торговал с придунайскими землями или участвовал в походах на юг. В славянской традиции прозвища по рекам давали не только тем, кто родился на берегу, но и тем, кто часто бывал в тех краях или отличался чем-то, напоминавшим о широкой и полноводной реке. Менее вероятна версия, что в основе лежит личное имя Дунай — оно встречалось в древнерусских летописях, но было редким.

С точки зрения социального происхождения, фамилия Дунаено, скорее всего, крестьянская или казачья. В среде запорожских и донских казаков, которые активно контактировали с дунайскими регионами, такие прозвища были обычным делом. Суффикс -енко, даже в усечённой форме -ено, устойчиво указывает на украинскую или южнорусскую среду, где патронимы на -енко складывались в фамилии в XVI–XVII веках.

Написание фамилии может варьироваться: встречаются варианты Дунаенко, Дунаенков, а также Дунай. Но именно форма Дунаено — самая редкая и локальная, что делает её особенно ценной для генеалогии: она привязана к конкретной местности, где произошёл фонетический сдвиг. Если искать корни, стоит обратить внимание на территории бывшей Екатеринославской губернии, Харьковщины или Кубани — там такие фамилии фиксируются в метрических книгах XIX века.