Фамилия Дунайкин — редкая, но прозрачная по происхождению. Она относится к группе фамилий, образованных от географических названий, но с необычным суффиксом. Если бы фамилия звучала как «Дунаев», вопросов бы не было: просто «с Дуная». Однако суффикс -кин указывает на иную словообразовательную модель.

В русской ономастике суффикс -ин (и его вариант -кин) обычно присоединяется к основам, оканчивающимся на -а, -я. В фамилии Дунайкин основа — «Дунайка». Это уменьшительная или прозвищная форма от имени Дунай. Само имя Дунай в старину было не только названием реки. В дохристианской и раннехристианской Руси так могли назвать ребёнка по реке — по тому же принципу, что имена Волга, Дон, Днепр. Такие «речные» имена встречаются в древнерусских летописях и берестяных грамотах.

Таким образом, фамилия Дунайкин значит «потомок Дунайки» или «сын Дуная». Дунайка — это ласкательная форма, которую в быту использовали для человека по имени Дунай. Модель образования типична для северных и центральных русских говоров: сначала от имени Дунай делали форму Дунайка (как Иван — Ивашка, Пётр — Петька), а затем прибавляли суффикс принадлежности -ин: Дунайкин.

Географически фамилия редкая. Основной ареал — Нижегородская область и прилегающие районы Поволжья. Это косвенно подтверждает версию о прозвищном, а не топонимическом происхождении: крестьяне из глухих деревень вряд ли имели прямое отношение к реке Дунай, зато имя Дунай в этих местах фиксируется в писцовых книгах XVI–XVII веков. Известен, например, крестьянин Дунайко из арзамасских земель.

Версия, что фамилия произошла от прозвища человека, жившего у реки Дунай, маловероятна. Во-первых, Дунай далеко от основного расселения русских крестьян. Во-вторых, для таких случаев типичен суффикс -ов/-ев (Дунаев), а не -кин. Суффикс -кин жёстко привязан к личной уменьшительной форме.

Итог: предок носителя фамилии Дунайкин, скорее всего, носил нецерковное имя Дунай или прозвище Дунайка. Это имя давали по названию великой реки, вкладывая в него пожелание силы, шири и полноводности жизни. Никакого отношения к реальному Дунаю семья, вероятнее всего, не имела.