Фамилия Дурнайкин образована от мирского имени Дурнайка. Такие имена с основой -дур- (Дурень, Дурак, Дурной) на Руси не были оскорбительными. Их относили к «охранительным»: родители нарекали ребенка Дурнайкой, чтобы отвести от него злые силы. Считалось, что имя-оберег сделает мальчика на самом деле умным, красивым и удачливым — то есть полной противоположностью прозвищу.

Корень «дурной» в значении «некрасивый, глупый» здесь работает на контрасте. Суффикс -к- в основе Дурнайка — уменьшительный, он смягчает грубое звучание и превращает имя в домашнее, ласковое. Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе на -а добавили притяжательный суффикс -ин (чей? — Дурнайкин сын).

В Книге памяти Нижегородской области зафиксирован Сергей Андреевич Дурнайкин 1912 года рождения. Эта запись — одно из немногих документальных подтверждений фамилии. Нижегородская привязка не случайна: в Поволжье и соседних регионах охранительные имена держались дольше, чем в центральных губерниях, где их активнее вытесняли церковные календарные имена.