Фамилия Дуняткин — яркий пример того, как в русской фамилии живёт уменьшительно-ласкательное имя. Её основа — народная форма крестильного имени Евдокия. В православных святцах это имя греческого происхождения, означающее «благоволение», «добрая слава». В просторечии Евдокия превращалась в Дуню, а от неё уже пошли многочисленные уменьшительные варианты: Дунята, Дунятка, Дуняша.

Суффикс -к- в основе «Дунятк-» указывает на то, что фамилия образована от прозвища или домашнего имени «Дунятка». Это характерная для русских говоров модель: мать семейства или бабушку, которую в быту звали ласково Дуняткой, дети и соседи так и называли. В официальных документах XVIII–XIX веков, когда фамилии только закреплялись за крестьянскими семьями, такое прозвище могли записать как «Дуняткин сын» или просто «Дунятка», а затем оно превратилось в фамилию с типичным русским суффиксом принадлежности -ин. То есть Дуняткин буквально означает «чей?» — сын или потомок Дунятки.

Редкость фамилии в том, что она образована не от мужского имени, а от женского. В русской ономастике это встречается реже, но вполне объяснимо: если женщина была главой большой семьи (например, вдова, державшая хозяйство) или просто пользовалась особым уважением, её имя могло стать родовым прозвищем. Сравните с фамилиями Марьин, Аннушкин, Катькин — все они построены по той же схеме, но Дуняткин выделяется двойным уменьшительным суффиксом (-ят- + -к-), что делает форму особенно тёплой, деревенской.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, особенно к бывшим Вологодской, Архангельской и Костромской губерниям. В этих краях имя Евдокия было очень популярно, а местные говоры любили сложные ласкательные формы. Встречаются также варианты написания «Дуняткын» (с твёрдым ы) — это реликтовое окончание, сохранившееся в некоторых старообрядческих семьях.

Никакой другой, не связанной с именем, версии происхождения у фамилии нет. Попытки привязать её к слову «дундук» (неповоротливый человек) или к тюркским корням лингвистически несостоятельны: суффикс -ятк- однозначно указывает на русское личное имя.