Фамилия Дуняев — хороший пример того, как за стандартной русской фамилией на -ев может скрываться неочевидная основа. Если посмотреть на неё впервые, логично предположить корень «дун» и связать с глаголом «дуть». Но на деле всё интереснее: скорее всего, в основе лежит имя или прозвище.

Большинство исследователей сходятся на том, что фамилия образована от просторечной формы канонического имени Евдоким. В народной среде это имя сокращали до Дуня, Дуняй — так могли звать человека в быту, в кругу семьи или соседей. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Дуняев буквально означает «сын Дуная» или «из рода Дуная». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имён (сравните: Иван — Иваев, Пётр — Петряев).

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Дунай. В старину Дунаем могли назвать человека, который жил у реки, много путешествовал или просто получил имя в честь крупной славянской реки. В этом случае фамилия оказывается топонимической, но для неё характерен суффикс -ов (Дунаев), а не -ев. Форма Дуняев с мягким знаком на конце основы ближе к имени-основе.

Ещё один редкий вариант — связь с диалектным словом «дуня» (в некоторых говорах — «дуня» означает нечто пухлое, надутое, или же так называли неряшливую женщину). Однако это скорее гипотеза, и она уступает по убедительности версии с именем Евдоким.

Таким образом, предок носителя фамилии Дуняев с высокой вероятностью носил имя Дуняй — сокращение от Евдоким. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, распространённая в центральных и южных регионах России, особенно в бывших губерниях, где имя Евдоким было популярно. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что только подтверждает её «народное» происхождение.