Фамилия Дуняков образована от просторечной формы женского имени Евдокия — Дуня. Имя Евдокия (в переводе с греческого — «благоволение», «добрая слава») в старину было широко распространено во всех сословиях, и его уменьшительные формы — Дуня, Дуняша — дали начало целому ряду фамилий: Дуняев, Дуняшин, Дуняков. Суффикс -ов в Дуняков указывает на типичную русскую патронимическую модель: так называли сына, внука или потомка человека по имени Дуня. То есть буквально Дуняков — «чей?» — Дуняков, то есть принадлежащий Дуне.

В отличие от фамилий на -ин (Дуняшин), которые чаще образовывались от основ на -а/-я, форма на -ов говорит о том, что исходное прозвище или имя могло восприниматься как полное, без дополнительного смягчения. Возможен и другой, менее очевидный вариант: основа Дуняк — так в некоторых говорах могли называть мужчину, связанного с женщиной по имени Дуня (например, мужа, сына или работника). Но в целом фамилия остаётся в кругу «матримониальных» или «женских» патронимов, что не редкость для русских фамилий: вспомним Машков, Натаров, Катьков.

Географически фамилия Дуняков встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях. Это косвенно указывает на то, что фамилия закрепилась в среде однодворцев или крестьянства, где имя Евдокия было особенно популярно. В дворянских родословных она не фиксируется — это фамилия преимущественно простонародная, что типично для имён, бытовавших в быту.

В ономастике фамилия Дуняков интересна тем, что показывает, как женское имя может стать основой для фамилии потомков по мужской линии. В словаре Б. Унбегауна такие фамилии отмечены как характерные для русского ономастикона, но менее частые, чем патронимы от мужских имён. Если ваш предок носил фамилию Дуняков, скорее всего, его прародительница была Евдокией — возможно, уважаемой в селе женщиной, чьё имя запомнили соседи и закрепили за её потомками.