Фамилия Дуняшкин образована от имени или прозвища Дуняшка. В русской ономастике это классическая модель — суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Дуняшкин, то есть сын или потомок Дуняшки.

Дуняшка — это нецерковное, уменьшительно-ласкательное производное от женского имени Евдокия (в просторечии — Дуня). В дореволюционной России Евдокия было одним из самых распространённых крестьянских имён, поэтому фамилии с основой Дун- (Дунин, Дуняев, Дуняшин) встречаются часто и в разных губерниях. Однако Дуняшкин стоит особняком: суффикс -ашк- характерен скорее для южнорусских и украинских говоров, где так образовывали ласкательные формы имён (например, Ивашка, Петрашка). В северных и центральных областях чаще говорили Дунька, Дуняха.

Отсюда первая и самая вероятная версия: фамилия пошла от женщины — матери или бабушки, которую в семье звали Дуняшка. Прозвище могло закрепиться за её детьми: «Дуняшкины ребята». В русской традиции фамилии на -ин нередко фиксировали женское имя главы семьи, если она оставалась вдовой или была особенно уважаема в округе.

Вторая, менее очевидная версия: Дуняшка могло быть прозвищем мужчины. В крестьянской среде мужчину могли дразнительно назвать Дуняшей за мягкий характер, любовь к хозяйству или даже за то, что он воспитывался без отца, при матери. Такие «женские» прозвища у мужчин встречались, хоть и реже, и давали фамилии вроде Дуняшкин, Машкин, Наташкин.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В переписях XIX века Дуняшкины чаще всего записаны в Воронежской, Курской и Харьковской губерниях. Это подтверждает южнорусский корень: именно в этих краях активно использовали суффикс -ашк-.

С точки зрения социального статуса — фамилия однозначно крестьянская, без дворянских корней. В родословных книгах или списках служилого сословия Дуняшкины не встречаются. Зато в метрических книгах сёл такие записи — обычное дело: «крестьянин Иван Дуняшкин», «солдатка Агафья Дуняшкина».

Любопытная деталь: фамилия Дуняшкин — одна из тех, что почти не меняла форму. В отличие от Дунина (где основа могла слиться с другими корнями), Дуняшкин прозрачен и не даёт повода для альтернативных толкований. Это редкий случай, когда этимология лежит на поверхности.