Фамилия Душковая — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной. В русской традиции фамилии на -ая, -яя обычно принадлежали женщинам, но в современном обиходе Душковая может быть и фамилией мужчины (если он Душковой), хотя чаще встречается именно как вариант для женщин, а мужской вариант — Душков. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Душка, Душок.

Слово «душка» в русских говорах имело несколько значений. Самое распространённое — ласковое обращение к человеку, «душечка», «милый». Прозвище Душка могли дать приветливому, доброму или обаятельному человеку. Но был и другой смысл: в некоторых регионах «душкой» называли часть тела — ключицу или ямочку на шее. Прозвище могло возникнуть по внешней примете — например, у человека была заметная родинка или ямочка на шее. Третье, менее очевидное значение — «душок» как запах, но вряд ли оно стало основой для фамилии: скорее, это был бы пренебрежительный вариант, а «душка» — положительный.

Суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность: Душков — сын Душки. А окончание -ая в женском варианте — типичная черта для фамилий из южнорусских и украинских регионов, где такие формы (Толстая, Бритая, Душковая) сохраняли родовое окончание прилагательного. Появление фамилии именно в женском написании могло быть связано с тем, что в документах женщину записали как «Душковая» (например, вдова Душкова), и форма закрепилась.

Географически фамилия встречается редко, в основном в центральных и южных областях России. Встречаются однокоренные фамилии: Душкин, Душин, Душков. Самая близкая по модели — Душков, от которой женская форма Душковая, по сути, и произошла.

О сословной принадлежности носителей судить сложно: прозвище Душка могло появиться и в крестьянской, и в мещанской среде. Никаких данных о дворянских родах с такой фамилией нет.