Фамилия Душкова — женская форма, а мужская, Душков, восходит к прозвищу или мирскому имени Душок. В основе лежит слово «дух» или «душа», но не в высоком, а в бытовом, часто ироничном значении. В русских говорах «душок» означал не только запах, но и человека с норовом, обидчивого или, наоборот, себе на уме. Прозвище могли дать тому, кто быстро «дулся», или тому, кто славился едким замечанием — «с душком».

Модель образования проста: суффикс -ов/-ев, самый массовый в русских фамилиях, присоединялся к основе прозвища. Душок → Душков, а затем Душкова. Никакой редкой морфологии здесь нет, но есть одна деталь: фамилия могла возникнуть не только от прозвища, но и от уменьшительной формы крестильного имени Досифей. В народе его переделывали в Душу или Душку — ласково, по созвучию с «душа». Тогда Душков — это «сын Души», то есть потомок человека, которого в семье звали Душей.

Географически фамилия не привязана к одной области, но чаще встречается в северных и центральных регионах России — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Там слово «душок» в значении «запах» или «характер» было в ходу, и прозвища на -ок давали охотно. В южных говорах фамилия редка: там предпочитали другие суффиксы и другую лексику.

Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в любительских словарях, — связь с церковнославянским «душ» (разбойник, злодей). Это натяжка: слово «душ» в этом значении почти не сохранилось в живом языке, и прозвища от него не образовывались. Так что основная версия — прозвище Душок, данное по характеру или повадке.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. В документах XVIII–XIX веков Душковы встречаются среди государственных крестьян и однодворцев. Никаких громких исторических носителей не зафиксировано — фамилия осталась в тени, что для массовой русской фамилии нормально.