Фамилия Двинянинов — это классический пример «географического» прозвища, которое закрепилось за родом. Её основа — слово «двинянин», то есть «житель с Двины». Так в старину называли человека, который переселился с берегов Северной или Западной Двины. Суффикс -янин в русском языке как раз и указывает на принадлежность к местности или народу (ср. рижанин, ельчанин). Потомка такого человека, «сына двинянина», и записали как Двинянинова.

Самая очевидная версия — связь с названием двух крупных рек. Северная Двина течёт через Вологодскую и Архангельскую области, Западная Двина (Даугава) — через Тверскую, Смоленскую области и дальше в Беларусь. Предки Двиняниновых могли быть выходцами из любого из этих регионов, и фамилия не даёт точного указания, с какой именно Двины они пришли.

Встречается и редкая, маловероятная гипотеза — о связи с армянским городом Двин (Двин). В IV–XIII веках это был крупный торговый и ремесленный центр, столица средневековой Армении. Но чтобы выходец из него получил на русской почве прозвище «Двинянин», а затем фамилию с типичным русским суффиксом -ов, — цепочка выглядит натянутой. Такое могло бы случиться, если бы купец или ремесленник из Двина осел в русских землях, но прямых доказательств или устойчивой традиции такой адаптации этого топонима нет. Поэтому основная и наиболее правдоподобная версия — речная, северорусская или тверская.

Суффикс -ов в окончании фамилии указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «Двинянинов», то есть «сын Двинянина». Это стандартная модель для русских фамилий, сформировавшаяся к XVII веку. Фамилия Двинянинов — памятник не столько письменности, сколько народной географической памяти: в ней застыло указание на реку, которая когда-то определила судьбу основателя рода.