Фамилия Двиняников — одна из тех, что сразу указывает на географическое происхождение своего первого носителя. В основе лежит название реки Северная Двина. Человек, живший на её берегах, мог получить прозвище Двиняник — «житель с Двины». Суффикс -яник в русских фамилиях встречается нечасто, он характерен для северных говоров и обозначает принадлежность к местности: так же образованы, например, Коряжников (от города Коряжма) или Пинежанинов (от реки Пинеги). Затем к основе Двиняник прибавился стандартный патронимический суффикс -ов, и получилась фамилия, означающая «сын Двиняника».

Интересно, что в старых документах фамилия могла писаться через «е» — Двиняников. Это не ошибка, а отражение местного произношения: в северных говорах «я» после мягких согласных часто звучало как «е» (ср. «время» — «времечко»). Такие вариации встречаются в метрических книгах Архангельской и Вологодской губерний, где Двиняниковы были особенно密集ны. В переписях XVII–XVIII веков эту фамилию носили крестьяне и посадские люди, жившие по берегам Двины и её притоков. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия простонародная, корнями уходящая в поморский быт.

Существует и более редкая версия: прозвище Двиняник мог получить человек, который пришёл с Двины в другую область, например, в Сибирь или на Урал. Тогда фамилия становилась не столько указанием на место жительства, сколько на происхождение — «выходец с Двины». В любом случае, Двиняников — это фамилия-метка, которая чётко привязывает предков к одному из главных водных путей Русского Севера.