Фамилия Дюганова образована от прозвища Дюган. Самая вероятная версия связывает его с украинским глаголом «дюгнути» — «ударить». В таком случае прозвище могло закрепиться либо за сильным человеком, которого не боялись ударить в ответ, либо за забиякой и драчуном, который сам был не прочь пустить кулаки в ход. Прозвище со временем вытеснило крестильное имя и стало основой для фамилии.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий: к основе Дюган добавился суффикс принадлежности -ов, и получилась фамилия Дюганов. В женском роде — Дюганова. Суффикс указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в округе именно под этим прозвищем.

Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог: Дюга́нов. Встречается и вариант с ударением на первый слог — Дю́ганов, но он менее распространён. Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и Украине — именно там слово «дюгнути» было в ходу.

Есть и альтернативная, но менее убедительная гипотеза: связь с тюркским корнем «дюгюн» — «узел», «связка». Однако для её подтверждения нет достаточных данных, и украинская версия выглядит предпочтительнее, поскольку фамилия встречается в регионах, где украинское влияние было сильным.