Фамилия Джаксбаев — типичный пример тюркской модели образования фамилий от личного имени через суффикс принадлежности. В основе лежит имя Джаксыбай, которое в свою очередь составлено из двух корней: «жаксы» и «бай». Первый корень, «жаксы» (в казахском произносится как «жақсы»), означает «хороший, добрый, благой». Второй корень — «бай», общеупотребительный в тюркских языках, обозначал «богатый человек, хозяин, господин» и нередко входил в состав имён-пожеланий. Складывая эти значения, получаем имя-пожелание: родители, нарекая сына Джаксыбаем, желали ему стать добрым, состоятельным и уважаемым человеком. В прошлом «бай» использовался и как социальный титул для богатых или влиятельных людей, что усиливало пожелание благополучия.

Суффикс «-ев» в фамилии — это русский патронимический показатель, который в XIX—XX веках добавляли к тюркским именам при оформлении фамилий в документах Российской империи и СССР. Таким образом, Джаксбаев буквально означает «сын (потомок) Джаксыбая». Интересна редукция в написании: от полного имени Джаксыбай образована форма Джаксбаев, где выпала гласная «ы» во втором слоге. Это типичное явление для русской адаптации тюркских имён — усечение для удобства произношения, как, например, в фамилиях Бекбаев (от Бекбай) или Нурбаев (от Нурбай).

Существует и альтернативная, но значительно менее убедительная гипотеза, связывающая фамилию с гидронимом — названием киргизской реки Джаксы-бай. Согласно описаниям XIX века, эта река берёт начало в горном кряже Акчате, течёт на юго-запад, прорезает озеро Сасык-куль и теряется в песках, не доходя до реки Урал. Сторонники этой версии предполагают, что предок носителей фамилии мог быть родом с берегов этой реки. Однако такая трактовка вторична: в ономастике гораздо чаще фамилии образуются от личных имён, чем от географических названий, особенно когда речь идёт о малоизвестной реке. К тому же сама река, скорее всего, получила имя от того же тюркского сочетания «хороший (богатый) бай», то есть первичным является имя человека, а не реки. Поэтому версия происхождения от имени Джаксыбай остаётся основной и наиболее логичной.