Фамилия Джалагония — редкий пример слияния арабского имени с грузинским корнем. Её основа — мужское имя Джалаль, которое восходит к арабскому «величие, слава, высокий ранг». Второй компонент, goni, переводится с грузинского как «ум, рассуждение». Скорее всего, фамилию получил человек, которого называли Джалаль-гони — то есть «обладающий славным умом» или «великий в рассуждении». Такая модель типична для грузинских фамилий, где к основе добавляют указание на качество или свойство, а суффикс -ия указывает на принадлежность к роду. Исходное прозвище могло закрепиться за уважаемым старейшиной или мудрецом, чьё мнение значило много в общине.

Географически фамилия тяготеет к западной Грузии, особенно к Мегрелии и Гурии, где распространены фамилии на -ия. Встречаемость низкая, что говорит о локальном происхождении от одного конкретного рода. В отличие от распространённых грузинских фамилий на -швили или -дзе, Джалагония сохраняет более архаичную словообразовательную модель, где вторая часть — не патронимический суффикс, а самостоятельное слово. Это редкий случай, когда фамилия не просто «сын такого-то», а характеристика личности предка. Если сравнивать с однокоренными, например, с Джалаганией или Джалагонидзе, то вариант Джалагония выглядит как более прямая и немодифицированная запись исходного прозвища.