Фамилия Джанкараева указывает на имя дальнего предка по мужской линии — Джанкара. Исходное имя, как и сама фамилия, не имеет славянских корней: это сложное слово, образованное в персидско-тюркской языковой среде. Первая часть — «джан» (от персидского «душа»). Вторая часть может восходить к двум разным основам. По одной версии, это тюркское «кара» в значении «черный» или «темный», но для имени такой вариант менее характерен. Другая, более убедительная версия связывает вторую часть с древнетюркским мужским именем Карай, означающим «стань грозным, сильным». В таком случае полное имя Джанкарай трактуется как «тот, кто имеет сильную душу».

Самый распространенный вариант трактовки имени Джанкара проще: «пусть родится душа». Так могли назвать долгожданного или позднего ребенка, которого вымолили у высших сил. Суффикс -ев в фамилии — типичный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность («чей?» — Джанкараев). Встречаются и другие варианты написания, например, через «ай» на конце, что отражает исходную форму имени Джанкарай.

Фамилия бытует в среде народов Северного Кавказа, а также у казахов и татар. Подтверждение тому — архивные документы. В источниках казахского происхождения упоминается Кундузбай Джанкараев, родившийся в 1868 году в Чуренском, Алакульского района Алматинской области. Эта запись закрепляет географию фамилии в Центральной Азии и её давнюю историю.