Фамилия Джанкараев — памятник восточной культуры, в котором сплелись персидские и тюркские языковые традиции. Чтобы понять её происхождение, достаточно разобрать имя, от которого она образована.

Фамилия восходит к мужскому имени Джанкара (или Джанкарай). В основе лежит персидское слово «джан» — «душа». Вторая часть имени, «кара» или «карай», переводится с древнетюркского как «стань грозным, сильным, мощным». Получается, что имя Джанкарай означало «тот, кто имеет сильную душу».

Существует и другая, более бытовая версия. Имя Джанкара могли дать долгожданному или позднему ребёнку — как пожелание «пусть родится душа», то есть пусть младенец выживет и окрепнет. В любом случае, имя было призвано защитить и наделить силой.

Фамилия образована по русской модели: к основе Джанкара прибавился суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Джанкары»). Такие фамилии характерны для народов, вошедших в состав Российской империи, и часто встречаются у тюркских и кавказских этносов.

В исторических источниках встречается, например, Кундузбай Джанкараев, родившийся в 1868 году в Чуренском (Алакульский район Алматинской области). Это указывает на бытование фамилии в казахской среде. Однако окончательно говорить о точном месте и времени её возникновения можно только на основе серьёзных генеалогических изысканий — процесс формирования фамилии мог быть длительным и не привязан к одной местности.