Фамилия Джаватхан — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение: она сложена из двух тюркских и арабских элементов. Первая часть, «джават» (или «джавад»), восходит к арабскому имени Джавад, что значит «щедрый», «великодушный». Вторая часть — «хан», тюркский титул, обозначающий правителя, владыку. Таким образом, в основе фамилии лежит составное имя Джаватхан — «щедрый хан». Такие двусоставные имена с титулом «хан» были распространены у многих тюркских народов: кумыков, азербайджанцев, татар, народов Дагестана. Фамилию, скорее всего, получили потомки человека, которого звали Джаватханом, — либо по имени отца, либо по прозвищу, которое закрепилось за родом.

Интересно, что фамилия Джаватхан не является типичной русской фамилией с суффиксом -ов/-ев или -ин. Она сохранила исходную форму имени в качестве родового имени — это характерно для многих фамилий народов Кавказа и Закавказья, где фамилии часто представляют собой просто имя предка без дополнительных формантов. В русском языке такая форма могла закрепиться при записи в метрических книгах или документах, когда писарь буквально переносил имя отца как фамилию сына. Сравните с однокоренными фамилиями Джавадов, Джавадханов — в них уже видны русские суффиксы, а здесь мы видим более архаичный, «чистый» вариант.

Географически фамилия Джаватхан чаще всего встречается среди кумыков, аварцев, лезгин и других народов Дагестана, а также у азербайджанцев. В этих регионах имя Джаватхан (или его варианты Джавадхан, Джават) было известно как личное, и со временем оно перешло в фамилию. Поскольку титул «хан» в прошлом указывал на знатное происхождение, предки носителей фамилии могли быть из местной аристократии — ханов или беков, но не обязательно: имя «хан» часто давали просто как пожелание силы и власти, не связывая с реальным титулом. Поэтому утверждать, что все Джаватханы — потомки ханов, было бы неверно. Скорее, это фамилия, которая говорит о восточных корнях и о том, что родоначальника звали «щедрым правителем».