Фамилия Джаватханова образована от имени Джаватхан, которое восходит к двум именным основам: арабскому имени Джават, которое переводится как «человек с широкой душой, щедрый», «скаковая лошадь» или «вечный», и тюркскому компоненту «хан» - «хан, повелитель, монарх». Имена, в состав которых входит корень «хан», традиционно даются мальчикам с пожеланием им ханской власти и богатства. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Джаватхановых можно лишь на основании генеалогических исследований.