Фамилия Джаватханова — одна из тех, где в основе лежит составное имя, а не прозвище или профессия. Её ядро — мужское имя Джаватхан. В нём соединились два компонента из разных языковых традиций: арабское имя Джават и тюркский титул «хан».

Арабское имя Джават имеет несколько значений. Самое распространённое — «щедрый человек», «человек с широкой душой». Есть и более редкие варианты перевода: «скаковая лошадь» или «вечный». Второй компонент — «хан» — в тюркских языках означает «повелитель», «монарх», «владыка». Такие имена (с корнем «хан») в прошлом давали мальчикам с пожеланием власти, богатства и высокого положения. Джаватхан, таким образом, — имя-пожелание: «щедрый правитель» или «вечный хан».

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Джаватхан добавили суффикс принадлежности -ов (в женском роде -ова). Это типичный способ русификации нерусских имён и прозвищ. Фамилия Джаватханова — женская форма, мужская, соответственно, Джаватханов.

Процесс закрепления таких фамилий в России и на Кавказе шёл долго и неравномерно. Точное место и время возникновения рода Джаватхановых без генеалогических изысканий назвать сложно. Однако по модели образования и составу имени можно уверенно говорить, что фамилия имеет тюрко-арабские корни и, скорее всего, бытует среди народов, где распространены исламские имена и тюркские титулы — например, у азербайджанцев, кумыков, народов Дагестана.