Фамилия Еемельяненко — редкий и яркий пример того, как двойная гласная в начале слова может исказить восприятие исконно русского корня. На первый взгляд она кажется украинской или белорусской из-за суффикса -енко, который в этих языках означает «маленький» или «сын» (как Иващенко — сын Ивана). Но основа здесь та же, что и у распространённой фамилии Емельяненко, а двойное «е» — скорее всего, результат ошибки в паспортном столе или особенность местного говора (аканье, перешедшее в письмо). Настоящая историческая форма — Емельяненко.

Корень фамилии — крестильное имя Емельян, русская форма канонического имени Емилиан (от латинского Aemilius — «соперник» или «ревностный»). В православных святцах это имя носили несколько мучеников, поэтому оно было распространено во всех сословиях. Суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины или юга России: так называли сына или потомка Емельяна. Первые носители фамилии — крестьяне или казаки, у которых в документах записывали отчество в форме «Емельяненко» (то есть «Емельянов сын»).

Главная загадка Еемельяненко — откуда взялось удвоение. Вероятнее всего, это гиперкоррекция: в южнорусских говорах начальное «е» часто произносят с придыханием или растяжкой, и при записи на слух чиновник мог поставить две буквы. Другая версия — опечатка, закрепившаяся в советских паспортах. В пользу этого говорит крайняя редкость фамилии: в базах данных она встречается единично, чаще всего в Краснодарском крае и Ростовской области, где смешение украинских и русских говоров было особенно сильным.

Однокоренные фамилии — Емельянов (великорусская форма на -ов), Емельянцев, Емельяненков (двойная фамилия). Все они восходят к одному корню, но Еемельяненко стоит особняком: это не вариант написания, а орфографический курьёз, который, тем не менее, стал полноценной фамилией. Для её носителя это не ошибка, а уникальный маркер семейной истории — возможно, связанный с конкретным писарём или говором предков.