Фамилия Ефакин — редкий случай, когда за основу взято не полное каноническое имя, а его просторечная, бытовая форма. В основе лежит имя Ефа, которое на самом деле является сокращением от Ефим (церковное Евфимий, от греческого «благочестивый»). В русских говорах имя Ефим в повседневной речи часто ужимали до односложного Ефа — так же, как Степан превращался в Степу, а Иван в Ваню.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ефакин буквально значит «чей?» — сын Ефаки. Обратите внимание на промежуточную ступень: не Ефкин, а именно Ефакин. Это говорит о том, что в основе лежала форма Ефака — ласкательное или обиходное производное от того же Ефима. Сравните: Федя — Фдякин (редко), но Федяка — Федякин (встречается). Модель «имя + -ака» давала более разговорные, «домашние» прозвища, которые потом закреплялись в фамилиях.

В отличие от фамилий на -ов (Ефимов, Ефремов), которые образовывались от полных или полуцерковных форм, Ефакин — фамилия из народной, неофициальной среды. Предок Ефакиных, скорее всего, был простым крестьянином или ремесленником, в документах которого имя записывали «по-уличному», а не по святцам. Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским областям России, где форма Ефим была особенно популярна, но в целом остаётся довольно редкой.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её ошибочно связывают с тюркским корнем «ефак» (еда, хлеб), но это натяжка: фамилия явно русского типа с суффиксом -ин, и антропонимические модели у тюркских народов иные. Намного правдоподобнее, что Ефакин — это «фонетический брат» фамилий Ефимов, Ефимкин, Ефимочкин, только с другой ступенью словообразования.