Фамилия Ефаркин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит неканоническое имя или прозвище Ефарка. Это уменьшительная форма от имени Ефар, которое, в свою очередь, является народной, обиходной переделкой крестильного имени Ефрем (древнееврейское «плодовитый»). В русской диалектной среде звук «р» нередко менялся на «л» (как в фамилиях Ефалин, Ефалов), но здесь мы видим обратный случай — сохранение «р» с добавлением суффикса -к-, типичного для разговорных форм (сравните: Ефим — Ефимка, Ефрем — Ефремка, а на базе Ефар — Ефарка).

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?»). Ефаркин — значит «сын Ефарки». Такая схема типична для русских фамилий, возникших в крестьянской и мещанской среде в XVI–XVII веках. Фамилия могла закрепиться в тех регионах, где имя Ефрем произносили «на а» — Ефар. Это характерно для южнорусских и некоторых среднерусских говоров, где аканье влияло на произношение церковных имён.

Версия с прозвищем менее вероятна, но не исключена: в некоторых говорах «ефарка» могло быть ироничным обозначением бойкого, суетливого человека (от «ефериться» — важничать, ломаться). Однако, учитывая распространённость имени Ефрем на Руси, антропонимический путь — основной.

Однокоренных фамилий немного: Ефаров, Ефремкин, Ефремов. Ефаркин стоит от них особняком из-за нестандартной основы. Сословной привязки нет: фамилия встречается и среди крестьян, и среди мещан, но в силу редкости никогда не была «дворянской». География бытования размыта: единичные носители есть в Поволжье, на Урале и в Сибири — туда фамилия попала с переселенцами из центральных губерний.