Фамилия Еганцева — женская форма от Еганцев, и её разумнее всего рассматривать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище или имя Еганец, а суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — сын Еганца. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -ец.

Корень «еган» — тёмный, и это как раз тот случай, когда однозначного ответа нет, но есть несколько правдоподобных версий. Первая и самая вероятная: диалектное слово «ега» или «еган» в северных и сибирских говорах означало «заболоченное место», «топь», «моховое болото» с чахлым лесом. Человек, живший у такого места или родом оттуда, мог получить прозвище Еганец — «житель болота». Это объяснение подтверждается тем, что фамилия географически привязана к Русскому Северу, Уралу и Сибири — регионам, где топонимы с корнем «ег-» (Еган, Ега) встречаются часто.

Вторая версия — от тюркского «ег» (добрый, хороший) с русским суффиксальным оформлением. Тогда Еганец могло быть ласкательным или уменьшительным прозвищем. Но эта гипотеза слабее: тюркские корни обычно дают фамилии с другим суффиксом (-ов, -ин), и форма на -ец для них нетипична.

Третья, более редкая гипотеза — связь с каноническим именем Евгений через просторечную форму Еган. В народной речи имя Евгений превращалось в Евген, Еген, а затем и в Еган. Отсюда Еганец — «сын или потомок Евгения». Однако такая цепочка менее убедительна: фамилии от Евгения чаще встречаются как Евгеньев, Евгенов.

Суффикс -ец в основе фамилии — характерная черта севернорусских и сибирских прозвищ, где -ец добавляли к названиям мест или занятий (ср. Вятка — Вятец, лес — Лесец). Поэтому версия с болотом остаётся основной. Носители фамилии Еганцев (и Еганцева) традиционно встречаются в Пермском крае, Кировской области, на Урале и в Западной Сибири. Сословно это могли быть государственные крестьяне или казаки — в этих краях дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.