Фамилия Еганов в своей основе, скорее всего, восходит к русскому народному варианту крестильного имени Георгий — Еган. Имя Георгий греческого происхождения и означает «земледелец». Святой покровитель этого имени — Георгий Победоносец, один из самых почитаемых христианских святых. В народе его считали покровителем воинства и крестьянства, а день его памяти («Юрьев день») до середины XVII века был тем сроком, когда крестьяне могли перейти от одного помещика к другому. Фамилия образовалась по стандартной для русских фамилий модели: к основе Еган добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), то есть Еганов — это «сын Егана» или «потомок человека по имени Еган».

Однако есть и вторая, не менее правдоподобная версия. Фамилия могла возникнуть от прозвища Еган, которое связывают с диалектным словом «ега» (или «яга») — в некоторых говорах так называли злую, сварливую женщину. Но в говорах Урала, Приуралья и Зауралья у этого слова было совсем другое значение: «шуба из собачьей или козьей шкуры шерстью наружу». В таком случае прозвище Еган мог получить человек, который постоянно носил такую шубу, или, например, подкидыш, которого нашли завернутым в эту одежду. В пользу этой версии говорит и географическая привязка: уральские и зауральские говоры — конкретный ареал бытования слова, что делает эту гипотезу не просто догадкой, а осмысленным указанием на возможную родину предков Егановых.