Фамилия Экеев — редкий случай, когда основа не сразу поддаётся однозначной расшифровке, и это делает её особенно интересной для разбора. В русской ономастике фамилии на -ев обычно образуются от имён или прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или -й. Здесь основа — «Экей» или «Экий», а суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Экеев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Экий.

Самая вероятная версия происхождения — тюркская. В тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском, кумыкском или ногайском, слово «эке» или «экий» может означать «старший брат», «уважаемый старший родственник» или просто «почтенный». В таком случае прозвище Экий давали человеку старшему по возрасту или положению, возможно, главе рода или опытному наставнику. Фамилия Экеев тогда — типичная патронимическая, как и многие русские фамилии тюркского корня: Батырев, Атаев, Кунаев.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — от имени Экей, которое могло быть вариантом имени Икей или Ики, встречающегося у башкир и татар. В этом случае корень восходит к древнетюркскому «ик» — «двойной», «близнец», и такое имя могли дать второму из двойни. Однако эта гипотеза слабее, так как в фамилии закрепилось именно «Э», а не «И».

Географически фамилия Экеев встречается в основном на Северном Кавказе и в Поволжье, особенно среди карачаевцев, балкарцев и кумыков. В русских документах она могла появиться при переписях или метрических записях, когда тюркское имя записывали на слух русские писцы. В отличие от фамилий с «исконно русскими» суффиксами -ов/-ев, здесь основа не славянская, а заимствованная, что и делает фамилию заметной в списках.

Таким образом, Экеев — это фамилия, которая скорее всего указывает на уважаемого предка: «сын почтенного старшего брата». Она не имеет отношения к ремёслам или географическим названиям, а целиком построена на социальном статусе или родственных отношениях в тюркской среде.