Фамилия Елисейкины — одна из тех, что хранят в себе имя далекого предка. В её основе лежит не полная, а уменьшительная форма крестильного имени Елисей. Само имя Елисей имеет древнееврейские корни и означает «Бог — спасение», хотя в народе его нередко переосмысляли как «желанный» или «чудесный». От полного имени в быту образовалась ласкательная форма Елисейка, а от неё, по распространённой модели, и пошла фамилия: Елисейка → Елисейкин → потомки Елисейкины.

Суффикс -ин в этой фамилии указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «сын Елисейки». Такая словообразовательная модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин столь же привычны, как на -ов в южных регионах. Если бы предок жил, скажем, на Дону, его потомки скорее стали бы Елисейковыми.

Поскольку фамилия происходит от имени, а не от прозвища или ремесла, сказать о сословии первых носителей сложно. Елисейкой могли называть и крестьянина, и купца, и священника — имя было распространено во всех слоях. Однако сам факт, что в основу легла именно уменьшительная форма, говорит о домашней, неофициальной среде: фамилия закрепилась за потомками того Елисея, которого в семье звали ласково.

Точное время возникновения фамилии Елисейкины установить трудно. Массовое закрепление фамилий у крестьян завершилось лишь к концу XIX века, но отдельные семьи могли носить её и раньше. Встречаются однокоренные варианты — Елисеев, Елисеичев, Елисейцев, — но форма на -кин встречается реже, что делает её более локальной и узнаваемой.