Фамилия Елисей — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а полная форма личного имени, причем не крестильного, а ветхозаветного. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от канонических имен (Иван — Иванов, Пётр — Петров), Елисей не получил суффикса -ов/-ев. Это так называемая «нетрансформированная» фамилия, то есть наследственная, но оставшаяся в исходной форме, как, например, фамилии Гаврила, Лазарь, Савва.

Имя Елисей пришло на Русь из греческого через церковнославянский язык, восходя к древнееврейскому Элиша («Бог — спасение»). В Библии это имя носил пророк, ученик Илии. Однако в народной среде имя было не таким частым, как Иван или Василий, поэтому фамилия Елисей встречается значительно реже, чем Елисеев, где суффикс -ев указывает на принадлежность («сын Елисея»). Появление фамилии без суффикса могло означать, что ее закрепили за представителем духовенства или за человеком, которого в документах записали просто по имени, без отчества — такое практиковалось в некоторых регионах при переписях, особенно среди крестьян Русского Севера и Сибири.

Словообразовательная модель здесь нестандартная: фамилия совпадает с именем в именительном падеже. Это часто указывает на то, что предок был не просто «Елисеев сын», а сам носил имя Елисей, которое и стало родовым прозвищем. В быту таких людей могли называть «Елисей» для отличия от однофамильцев, и со временем это прозвище закрепилось за потомками. Встречаются и варианты с ударением на последний слог (Елисе́й), что характерно для южнорусских говоров.

Споров о происхождении фамилии почти нет: все версии сходятся на библейском имени. Единственный нюанс — могла ли фамилия возникнуть не от имени, а от прозвища, данного по имени персонажа? Это маловероятно, так как прозвища в форме полного имени обычно не давали — скорее использовали уменьшительные формы (Елиска, Елисейка). Поэтому прямая связь с именем пророка остается основной и наиболее правдоподобной.

Встречается фамилия Елисей в основном в центральных областях России и в Поволжье, но нигде не образует плотных гнезд. В архивах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян с этой фамилией, например, в переписных книгах Нижегородского уезда. Известных носителей, оставивших яркий след в истории, среди Елисеев нет — фамилия осталась по преимуществу крестьянской и мещанской, что делает ее типичным примером «простой» родовой метки, образованной без лишних формальностей.