Фамилия Елисейцев — наглядный пример того, как русская фамилия строится вокруг редкого имени. В её основе лежит каноническое мужское имя Елисей (от древнееврейского Элиша — «Бог спасение»). Но ключевая особенность — не имя, а суффикс. Если бы фамилию образовали напрямую от Елисея, мы бы получили Елисеев — самую распространённую форму. Вместо этого в дело пошла промежуточная ступень: отчество Елисейцев означает «сын Елисейца». А Елисеец — это не имя, а прозвище или, что вероятнее, уменьшительно-ласкательная форма имени Елисей, бытовавшая в народной речи. Суффикс -ец в русских именах часто давал фамильярный или «мужицкий» оттенок (ср. Иван — Иванец, Пётр — Петрец).

Такая модель образования — от формы с -ец через притяжательный суффикс -ев — редкая. Она встречается преимущественно в северных и центральных губерниях России, где крестьянские прозвища и уличные имена легче переходили в фамилии. Ономастика (работы Б. Унбегауна) фиксирует подобные случаи как характерные для «второго слоя» фамилий, когда патроним образовывался не от крестильного имени, а от его производной формы, которая уже успела закрепиться в быту.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии был сыном человека, которого в деревне звали Елисеец. Это могло означать и молодого Елисея, и Елисея невысокого роста, и просто ласковое обращение. Со временем отчество «Елисейцев сын» сократилось до фамилии, которая закрепилась за родом.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской областям. В центральных районах России она встречается реже, уступая массивной фамилии Елисеев. Встречается вариант написания через «о» — Елисейцов, что связано с акающим произношением в диалектах, но в словарях и архивах закрепилась форма на -ев.

Никакого отношения к ремеслу или прозвищу по занятию фамилия не имеет — это чистый патроним, указывающий на имя предка. Сословный состав носителей был почти исключительно крестьянским, реже — мещанским. Дворянской ветви Елисейцевых не зафиксировано, что подтверждает народное происхождение фамилии.