Фамилия Елисидоров — редкий случай, когда за исходную форму можно принять как каноническое имя, так и его народную переделку. В основе, скорее всего, лежит крестильное имя Елисидор, которое представляет собой просторечную или диалектную версию греческого имени Исидор (в переводе — «дар Исиды», египетской богини). В русском языке имя Исидор дало множество вариантов: Сидор, Исидорка, и, путём добавления начального «Е-» (явление, известное в диалектах как протеза), — Елисидор. Другая, менее вероятная версия выводит фамилию от имени Елисей (Елисей → Елисидор как искусственное усложнение), но она не подкреплена словообразовательной логикой: суффикс -дор в русских именах нехарактерен для производных от Елисея.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии XIX века: «чей?» — Елисидоров, то есть сын или потомок человека по имени Елисидор. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где протетическое «Е-» перед начальным гласным встречалось особенно часто (сравните: Ефим из Феофил, Елена из Олена). В центральных и северных губерниях имя Исидор обычно переходило в Сидор, поэтому фамилия Сидоровых там в сотни раз больше, чем Елисидоровых.

Сословная принадлежность предков-Елисидоровых, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дворянской среде редкие имена вроде Исидор фиксировались в церковной записи строго по святцам, без народных искажений, так что форма Елисидор — маркер бытовой, устной традиции. Носитель фамилии мог происходить из семьи, где имя передавалось по родословной, или же прозвище Елисидор закрепилось за конкретным человеком, выделявшимся необычным для окружения именем.

Однокоренные фамилии — Елисидоров, Елисидоровых (редкая форма на -их), а также Сидоров, Сидоркин, Сидоренко — образуют гнездо вокруг имени Исидор. Но Елисидоров стоит особняком: это не просто вариант Сидорова, а свидетельство того, что в данной семье имя бытовало в архаичной, диалектной огласовке, которую не стёрла церковная книжность.