Фамилия Эльки — редкий случай, когда на первый план выходит не суффикс, а сама основа. В русской традиции она стоит особняком: окончание -ий здесь не уменьшительно-ласкательное (как в фамилиях вроде Петькин), а скорее застывшая форма прилагательного, которая могла закрепиться за человеком, не имеющим к еврейскому имени Элька прямого отношения.

Самый прямой путь к разгадке — имя Элька, уменьшительная форма от Элиезер (Элиша, Эльханан) в еврейской среде. В этом случае фамилия образована по славянской модели: к основе имени добавили суффикс притяжательного прилагательного -ий (как в фамилиях Бородин, Голицын). Получается «чей?» — Элькин, но в старой орфографии, до реформы 1918 года, окончание -ий писалось через «и» и звучало как «Эльки». Со временем написание застыло, и фамилия потеряла указание на женский род (Элька — женское имя, а фамилия стала мужской).

Но есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых северных и сибирских говорах «элька» — диалектное слово, означающее «ель» или «еловый лес». Тогда фамилия Эльки могла возникнуть как прозвище человека, жившего у ельника, или как указание на место жительства (из деревни Эльки). Подтверждением служит топонимика: в Вологодской и Архангельской областях встречаются деревни с названием Элькино, а в Карелии — Эльки. В этом случае суффикс -ий выполняет ту же функцию, что и в фамилиях Берёзкин, Дубов: указывает на связь с местом или объектом.

Географически фамилия Эльки сегодня встречается нечасто, но её можно найти в записях по Псковской и Ленинградской областям, а также в Сибири — там, где оседали переселенцы из северных губерний. В еврейской среде фамилия была распространена в черте оседлости, но после миграций конца XIX — начала XX века её носители разъехались по разным регионам.

Спор между двумя версиями разрешается просто: если фамилия встречается у еврейских семей, то основа — имя Элька; если у русских из северных деревень — то, скорее всего, от «ель». Но даже в первом случае модель образования остаётся славянской: еврейское имя обработали русским суффиксом, и получилась фамилия, внешне неотличимая от «лесной». Это типичный пример того, как разные корни сходятся в одной форме.