Фамилия Елынин — одна из тех, что сразу выдают географию своего происхождения. Её основа — не имя, не профессия, а река. Речь о реке Елынке, притоке Сожа, протекающей в Смоленской и Могилёвской областях. На её берегах стоит деревня Елыничи, а рядом — райцентр Ельня. Согласно словарю русских фамилий, модель «Елынин» образована от названия населённого пункта с помощью суффикса -ин, который в этой модели указывает на принадлежность: «чей?» — Елынин, то есть выходец из Ельни или с Елынки. Это типичный «топонимический» суффикс, как в фамилиях Москвин, Тверитин, Смолин.

В старых документах форма фамилии могла колебаться. В переписных книгах XVII века встречается написание «Елынин» через «ы» — именно так, как мы привыкли сегодня. Но встречался и вариант «Ельнин», от более привычного названия города Ельня. Разница в одну букву меняла звучание: «Елынин» — более народное, диалектное произношение, где после твёрдого «л» слышалось «ы», а не «ь». Это характерно для северо-западных говоров, где смягчение согласных перед «е» было не таким сильным.

С точки зрения социальной истории, фамилия Елынин могла принадлежать как крестьянину, так и служилому человеку. В Смоленской губернии, где расположена Ельня, было много мелкопоместных дворян и однодворцев. В ревизских сказках XVIII века встречаются крестьяне Елынины — вероятно, потомки тех, кто получил фамилию по месту жительства после введения подушной переписи. Но не исключено, что часть носителей фамилии ведёт род от священников: в духовном сословии часто брали фамилии по названию села или храма.

Интересная деталь: фамилия Елынин не так редка, как кажется. По данным современных баз, она встречается в Смоленской, Брянской и Московской областях, а также в Беларуси. При этом однокоренные фамилии — Ельнин, Ельников, Ельницкий — распространены шире, но именно форма «Елынин» сохранила архаичное произношение, которое выдает коренного жителя Смоленщины или Поднепровья.