Фамилия Емушев — редкий случай, где основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или финно-угорская. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на корень «емуш» (которого в русском языке нет), а на географию и типичные модели образования фамилий у народов Поволжья и Урала.

Самый вероятный источник — мужское личное имя Емуш. Это имя встречается у татар, башкир и марийцев. В тюркских языках корень «ем-» может означать «лекарство», «снадобье» или «заговор, заклинание» (сравните с татарским «им-том» — народное лечение). Соответственно, Емуш — это, возможно, имя-пожелание, данное ребёнку, которого выходили с трудом, или прозвище знахаря. У марийцев имя Емуш (Йымуш) тоже фиксируется, и там оно может восходить к слову «юмо» — бог, то есть «божественный».

Модель образования проста: к основе Емуш- добавили русский патронимический суффикс -ев. Формант -ев, а не -ин, указывает на то, что основа оканчивается на шипящий или мягкий согласный. Так фамилия вписалась в русскую систему: Емушев буквально означает «сын Емуша».

Географически фамилия Емушев тяготеет к Республике Марий Эл и соседним регионам (Кировская область, Татарстан). Там же встречаются созвучные фамилии: Емушов, Емушев, Емуранов. Связь с марийским или татарским миром — главная зацепка. Если предки были марийцами, то фамилия могла закрепиться в ходе христианизации, когда языческие имена записывали в метрики. Если татарами — то после перехода в православие или в результате длительного соседства с русскими.

Версия о происхождении от русского слова «ему» (форма дательного падежа местоимения «он») — народная этимология, которая не выдерживает критики. Фамилии от местоимений в русском языке не образуются.

Итог: Емушев — фамилия с неустойчивым, но ясным по структуре значением. Предки носителя, скорее всего, были людьми, говорившими на одном из тюркских или финно-угорских языков, а их родовое имя связано либо с врачеванием, либо с религиозными представлениями.