Фамилия Ендовин происходит от прозвища Ендова, а то, в свою очередь, — от древнерусского слова «ендова». У этого слова было несколько значений, и каждое из них могло стать источником фамилии.

Самое известное значение — это сосуд для разлива пива, мёда, браги или вина. Ендова делалась из дерева (липы, берёзы, дуба, клёна) и имела приземистую форму, напоминающую ладью, утку, гуся или петуха. В такой сосуд могло поместиться до ведра жидкости. Интересно, что ендовы были заимствованы у русских народами Поволжья — мордвой, чувашами, марийцами, а также карелами. У них эта утварь сохранилась до наших дней как часть национальной культуры.

Если прозвище Ендова дали по этой причине, то оно могло указывать на профессию: либо винодела, либо мастера-строителя, делавшего такие сосуды. Но есть и другая версия. Ендовой называли небольшой круглый залив, соединённый проливом с рекой или озером. В этом случае прозвище закреплялось за человеком по месту жительства — у такого залива.

Обе версии правдоподобны и не противоречат друг другу: разные люди могли получить одно и то же прозвище по разным причинам. Фамилия образована по стандартной модели: к основе Ендов- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Ендовин, то есть сын Ендовы). Такая модель типична для русских фамилий, особенно в среде крестьян и посадских людей.

Среди однокоренных фамилий — Ендовицкий, Ендовский, Ендовкин. Все они так или иначе восходят к тому же корню, но различаются суффиксами и, возможно, региональным происхождением.